クローン病の原因はまだわかっていません。遺伝因子、環境因子(腸内細菌、動物性脂肪の多い食事、清潔な衛生環境)、免疫異常(腸粘膜で免疫反応が過剰になる)が複雑に関連し合って発症するのではないかと考えられています。